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Enzymes de modification d'ARN - RME

Enzymes de modification d'ARN - RME

Thématique « modification des ARN »

Les ARN stables de tout organisme contiennent des nucléosides modifiés. La méthylation est une des modifications les plus répandues. Ces méthylations sont catalysées par des méthyltransférases (MTase). Bien souvent, une MTase est spécifique pour une méthylation à une position particulière de l’ARN. À ce jour, chez une grande variété de bactéries et d’archées, la position de méthylation de beaucoup de MTases est encore inconnue. Notre recherche consiste à déterminer la cible de ces MTases inconnues chez différents microorganismes, à étudier l’interaction ARN-MTase et à vérifier l’importance d’une méthylation particulière pour la croissance de la cellule.

Cette thématique de recherche est menée en collaboration avec l'équipe du Laboratoire de Chimie biologique (Faculté des Sciences - ULB) hébergée dans les infrastructures de LABIRIS.  L'équipe de l’ULB comprend le chargé de cours, Louis Droogmans, et un technicien, Dany Van Elder.

Thématique « lipase » : étude de la monoacylglycérol lipase humaine (MAGL) et de lysophospholipases issues des organismes Thermococcus barophilus et de Paleococcus ferrophilus


La MAGL, une monoacylglycérol lipase humaine impliquée dans la dégradation du 2-arachidonoylglycérol (2-AG) constitue une cible thérapeutique pour le traitement de diverses pathologies.  Une collaboration a été entamée en 2019 avec l’université de Namur (Pr. J. Wouters et Pr. L. Leherte) en vue de réaliser une étude de modélisation in silico du phénomène d’ouverture/fermeture du « couvercle flexible » contrôlant l’entrée du substrat vers le site actif de l’enzyme. Le projet consacré à la lipase de Paleococcus ferrophilus en tant que modèle pour l’étude des monoacylglycérol lipases est en phase de clôture.

Publications

  • Van Laer, B., Roovers, M., Wauters, L., Kasprzak, J. M., Dyzma, M., Deyaert, E., Kumar Singh, R., Feller, A., Bujnicki, J. M., Droogmans, L., Versées, W. (2016). Structural and functional insights into tRNA binding and adenosine N1-methylation by an archaeal Trm10 homologue. Nucleic Acids Res, 44(2), 940-53. https://doi.org/10.1093/nar/gkv1369
  • Oerum, S., Roovers, M., Leichsenring, M., Acquaviva-Bourdain, C., Beermann, F., Gemperle-Britschgi, C., Fouilhoux, A., Korwitz-Reichelt, A., Bailey, H. J., Droogmans, L., Oppermann, U., Sass, J. O., Yue, W. W. (2017). Novel patient missense mutations in the HSD17B10 gene affect dehydrogenase and mitochondrial tRNA modification functions of the encoded protein. Biochim Biophys Acta, 1863, 3294-3302. https://doi.org/10.1016/j.bbadis.2017.09.002
  • Charlier, D., Nguyen Le Minh, P., & Roovers, M. (2018). Regulation of carbamoylphosphate synthesis in Escherichia coli: an amazing metabolite at the crossroad of arginine and pyrimidine biosynthesis. Amino Acids, 50(12), 1647-1661. https://doi.org/10.1007/s00726-018-2654-z
  • Oerum, S., Roovers, M., Rambo, R. P., Kopec, J., Bailey, H. J., Fitzpatrick, F., Newman, J. A., Newman, W. G., Amberger, A., Zschocke, J., Droogmans, L., Oppermann, U., Yue, W. W. (2018). Structural insight into the human mitochondrial tRNA purine N1-methyltransferase and ribonuclease P complexes. Journal of Biological Chemistry, 293(33), 12862-12876. https://doi.org/10.1074/jbc.RA117.001286
  • Singh, R.K., Feller, A., Roovers, M., Van Elder, D., Wauters, L., Droogmans, L., Versées, W. Structural and biochemical analysis of the dual-specificity Trm10 enzyme from Thermococcus kodakaraensis prompts reconsideration of its catalytic mechanism. (2018). RNA, 24(8), 1080-1092. (Equal contributions of Singh RK, Feller A and Roovers M). https://doi.org/10.1261/rna.064345.117
  • Dégut, C., Roovers, M., Barraud, P., Brachet, F., Feller, A., Larue, V., Al Refaii, A., Caillet, J., Droogmans, L., Tisné, C. (2019). Structural characterization of B. subtilis m1A22 tRNA methyltransferase TrmK: insights into tRNA recognition. Nucleic Acids Res, 47, 4736-4750. https://doi.org/10.1093/nar/gkz230
  • Labar, G., Brandt, N., Flaba, A., Wouters, J., Leherte, L. (2021). Structure and dynamics of an Archeal Monoglyceride Lipase from Palaeococcus ferrophilus as revealed by crystallography and In Silico analysis. Biomolecules, 11 (4), 533. https://doi.org/doi:10.3390/biom11040533
  • Roovers, M., Droogmans, L., Grosjean, H. (2021). Post-transcriptional modifications of conserved nucleotides in the T-Loop of tRNA: a tale of functional convergent evolution. Genes (Basel), 12, 140. https://doi.org/doi/10.3390/genes12020140  
  • Labar, G., Brandt, N., Flaba, A., Wouters, J., Leherte, L. (2021). Structure and dynamics of an archeal monoglyceride lipase from Palaeococcus ferrophilus as revealed by crystallography and In Silico analysis. Biomolecules, 11(4), 533. https://doi.org/10.3390/biom11040533
  • Roovers, M., Labar, G., Wolff, P., Feller, A., Van Elder, D., Soin, R., Gueydan, C., Kruys, V., Droogmans, L. (2022). The Bacillus subtilis open reading frame ysgA encodes the SPOUT methyltransferase RlmP forming 2'-O-methylguanosine at position 2553 in the A-loop of 23S rRNA.RNA. https://doi.org/10.1261/rna.079131.122

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