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Yeast, Amino acids, Signaling, Transport - YeAST

Yeast, Amino acids, Signaling, Transport - YeAST

L’équipe YeAST étudie la levure et l’utilise comme modèle pour comprendre le fonctionnement de base d’une cellule. Parmi les organites cellulaires de la levure, la vacuole est le thème central de nos recherches. C’est en effet une grande réserve de métabolites pour la cellule et un hub de régulation important pour orchestrer sa croissance. C’est également l’équivalent des lysosomes dans les cellules de mammifères, ce qui permet d’étudier le rôle de ces organites indirectement. Nous abordons différents aspects :

  • Le transport d’acides aminés cationiques (arginine, lysine, histidine) dans la vacuole de la levure.
  • La régulation des transporteurs vacuolaires et, inversement, leur rôle de régulation au sein de la cellule.
  • L’importance de la vacuole dans le métabolisme azoté.
  • Le rôle de la vacuole dans les phénomènes de sécrétion d’acides aminés.

Nous employons régulièrement des techniques de génétique de base (mutagenèse, CRISPR, …) et de microbiologie (tests de croissance, culture, …) mais les différents projets que nous abordons nous amènent à utiliser des techniques plus spécifiques : Mesure d’activité de transporteurs avec des substrats radioactifs, mesure du pH de la vacuole, isolement des vacuoles, western blots, microscopie à fluorescence, dosage d’acides aminés par UPLC, qRT-PCR, …

L'équipe de recherche de cette thématique est localisée au bâtiment 4B du campus du CERIA.

Publications

  • Feller, A., Georis, I., Tate, J.J., Cooper, T.G., Dubois, E. (2013). Alterations in the Ure2 αCap domain elicit different GATA factor responses to rapamycin treatment and nitrogen limitation. J. Biol. Chem., 288(3), 1841-1855. https://doi.org/10.1074/jbc.M112.385054
  • Georis, I. « Catabolite gene activator protein » in Brenner’s Encyclopedia of Genetics 2nd edition, Vol 1. (S. Maloy, K. Hughes) Academic Press, San Diego, 442 (2013). ISBN: 9780123749840.
  • Fayyad-Kazan, M., Tate, J.J., Vierendeels, F., Cooper, T.G., Dubois, E., Georis I. (2014).  Components of Golgi-to-vacuole trafficking are required for nitrogen- and TORC1-responsive regulation of the yeast GATA factors. Microbiologyopen, 3(3), 271-287. https://doi.org/10.1002/mbo3.168
  • Rai, R., Tate, J.J., Georis, I., Dubois E., Cooper T.G.R. (2014).  Constitutive and nitrogen catabolite repression-sensitive production of Gat1 isoforms. J. Biol. Chem, 289(5), 2918-2933. https://doi.org/10.1074/jbc.M113.516740
  • Georis, I., Tate, J. J., Vierendeels, F., Cooper, T. G., Dubois, E. (2015). Premature termination of GAT1 transcription explains paradoxical negative correlation between nitrogen-responsive mRNA, but constitutive low-level protein production. RNA Biol, 12(8), 824-37. https://doi.org/doi/10.1080/15476286.2015.1058476 
  • Tate, J. J., Georis, I., Rai, R., Vierendeels, F., Dubois, E., Cooper, T. G. (2015). GATA Factor regulation in excess nitrogen occurs independently of Gtr-Ego Complex-Dependent TorC1 Activation. G3: Genes, Genomes, Genetics, 5(8), 1625-38. https://doi.org/10.1534/g3.115.019307
  • Fayyad-Kazan, M., Feller, A., Bodo, E., Boeckstaens, M., Marini, A. M., Dubois, E., Georis, I. (2016). Yeast nitrogen catabolite repression is sustained by signals distinct from glutamine and glutamate reservoirs. Mol. Microbiol, 99, 360-379. https://doi.org/10.1111/mmi.13236
  • Songulashvili, G., Flahaut, S., Demarez, M., Tricot, C., Bauvois, C., Debaste, F., Penninckx, M.J. (2016). High yield production in seven days of Coriolopsis gallica 1184 laccase at 50 L scale; enzyme purification and molecular characterization. Fungal Biol, 120, 481-488. https://doi.org/10.1016/j.funbio.2016.01.008
  • Saliba, E., Evangelinos, M., Gournas, C., Corrillon, F., Georis, I., André, B. (2018). The yeast H+-ATPase Pma1 promotes Rag/Gtr-dependent TORC1 activation in response to H+-coupled nutrient uptake. Elife, 7, e31981. https://doi.org/10.7554/eLife.31981
  • Ronsmans, A., Wery, M., Szachnowski, U., Gautier, C., Descrimes, M., Dubois, E., Morillon, A., Georis, I. (2019). Transcription-dependent spreading of the Dal80 yeast GATA factor across the body of highly expressed genes. PLoS Genet, 15, e1007999. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007999
  • Cools M., Rompf M., Mayer A., André B. (2019). Measuring the activity of plasma membrane and vacuolar transporters in yeast. In Yeast Systems Biology 2nd Edition (pp. 247–261). Humana, New York, NY.  https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9736-7_15
  • Cools M., Lissoir S., Bodo E., Ulloa-Calzonzin J., DeLuna A., Georis I., André B. (2020). Nitrogen coordinated import and export of arginine across the yeast vacuolar membrane. PLoS Genet, 16(8), e1008966. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1008966
  • Kapetanakis, G. C., Gournas, C., Prévost, M., Georis, I., André, B. (2021). Overlapping Roles of Yeast Transporters Aqr1, Qdr2, and Qdr3 in Amino Acid Excretion and Cross-Feeding of Lactic Acid Bacteria. Front Microbiol, 12. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.752742
  • Georis I., Fayyad-Kazan M., Zaremba E., Vierendeels F., Roovers M., Dubois E. (2022) Glutamine transport as a possible regulator of nitrogen catabolite repression in Saccharomyces cerevisiae. Yeast 39:493-507. https://doi.org/10.1002/yea.3809
  • Megarioti, A.H., Athanasopoulos, A., Koulouris, D., Esch, B.M., Makridakis, M., Lygirou, V., Samiotaki, M., Zoidakis, J., Sophianopoulou, V., André, B., Fröhlich, F., Gournas, C. (2023). Ferroptosis-protective membrane domains in quiescence .Cell Rep 42, 113561. https://doi.org/10.1016/j.celrep.2023.113561

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